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蛋白質(zhì)組學(xué)在甲狀腺癌診斷中的應(yīng)用

2022-03-23 14:19 閱讀:8624 來(lái)源:愛(ài)愛(ài)醫(yī) 作者:張建鑫 責(zé)任編輯:柳葉彎刀
[導(dǎo)讀] 目前人們已經(jīng)從DNA和RNA水平對(duì)甲狀腺腫瘤開(kāi)展了廣泛研究,但基因的功能最終需要通過(guò)相應(yīng)的蛋白質(zhì)發(fā)揮作用。蛋白質(zhì)作為基因的表達(dá)產(chǎn)物,生理活動(dòng)的執(zhí)行者,有必要從蛋白質(zhì)整體水平揭示甲狀腺癌的發(fā)生發(fā)展,闡述其癌變本質(zhì)

甲狀腺癌是內(nèi)分泌系統(tǒng)最常見(jiàn)的惡性腫瘤,發(fā)病率日益增加,現(xiàn)已成為全球第八位最常見(jiàn)癌癥。甲狀腺癌按組織學(xué)類型分為乳頭狀甲狀腺癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)、濾泡型甲狀腺癌(follicular thyroid cancer,FTC)、甲狀腺髓樣癌(medullary thyroid cancer,MTC)和未分化癌(anaplastic thyroid cancer,ATC),其中PTCFTC又稱為分化型甲狀腺癌(differentiated thyroid cancer,DTC)目前,全球范圍內(nèi)廣泛使用的術(shù)前診斷甲狀腺癌方法為甲狀腺超聲引導(dǎo)下細(xì)針穿刺細(xì)胞學(xué)(fine needle aspiration cytology,FNAC)檢查,但仍有20%~30%甲狀腺結(jié)節(jié)無(wú)法得到準(zhǔn)確診斷。因此許多患者最終選擇了外科診斷性手術(shù),但術(shù)后病理大多數(shù)是良性的。不必要的手術(shù)通常造成患者需要終身的甲狀腺素替代治療和承受相應(yīng)的手術(shù)后并發(fā)癥,也在一定程度上造成了醫(yī)療資源的浪費(fèi)。近十余年來(lái),分子檢測(cè)越來(lái)越多地被運(yùn)用到甲狀腺癌的診斷中。從BRAF V600E單基因到基因 panel、多基因分類器雖然診斷的敏感性有所提高,但陽(yáng)性預(yù)測(cè)值和特異性較低。目前人們已經(jīng)從DNARNA水平對(duì)甲狀腺腫瘤開(kāi)展了廣泛研究,但基因的功能最終需要通過(guò)相應(yīng)的蛋白質(zhì)發(fā)揮作用。蛋白質(zhì)作為基因的表達(dá)產(chǎn)物,生理活動(dòng)的執(zhí)行者,有必要從蛋白質(zhì)整體水平揭示甲狀腺癌的發(fā)生發(fā)展,闡述其癌變本質(zhì)。

(一)蛋白質(zhì)組學(xué)在PTC診斷中的應(yīng)用

PTC是最常見(jiàn)的甲狀腺癌,國(guó)內(nèi)外學(xué)者許多發(fā)表的甲狀腺蛋白質(zhì)組學(xué)研究著眼于將PTC蛋白質(zhì)譜與健康或良性甲狀腺組織進(jìn)行比較,從而篩選出特異性分子標(biāo)志物。國(guó)內(nèi)學(xué)者篩選出潛在蛋白質(zhì)標(biāo)志物載脂蛋白C-I、載脂蛋白C-III、α-珠蛋白和β-珠蛋白,發(fā)現(xiàn)該標(biāo)志物組合區(qū)別PTC和非PTC的特異度為88.0%,靈敏度為92.5%.許多學(xué)者研究發(fā)現(xiàn)鈣結(jié)合蛋白在不同類型甲狀腺癌中表達(dá)不一,其中S100蛋白亞型S100A6、S100A11蛋白在PTC中表達(dá)明顯增加。膜聯(lián)蛋白屬于鈣依賴性磷脂結(jié)合蛋白家族,與磷脂酶A2活性、細(xì)胞分裂、分化及凋亡密切相關(guān)。研究顯示,PTC中膜聯(lián)蛋白A3表達(dá)減少,膜聯(lián)蛋白A1、A2表達(dá)增加。膜聯(lián)蛋白表達(dá)模式的不一致可能表明其在甲狀腺癌中存在一定的抑制或促進(jìn)腫瘤的功能,可能是PTC的有效標(biāo)志物。Guo等利用獨(dú)特的PCT-SWATH技術(shù)結(jié)合人工智能分析了近千例甲狀腺結(jié)節(jié)組織標(biāo)本,分離出含有14種蛋白質(zhì)的panel,panel診斷甲狀腺良惡性結(jié)節(jié)的臨床準(zhǔn)確率可高達(dá)90%。由于尿液的特殊性質(zhì),尿液中的蛋白質(zhì)組成和濃度極不穩(wěn)定,因此從尿液中尋

找出穩(wěn)定尿蛋白生物標(biāo)志物困難重重。但 Jayapalan等發(fā)現(xiàn),與健康對(duì)照組相比,PTC患者尿液中多功能肌動(dòng)蛋白調(diào)節(jié)蛋白 gelsolin 表達(dá)增加,為PTC尿蛋白質(zhì)組學(xué)提供了新的視角。

gelsolin參與細(xì)胞形態(tài)、運(yùn)動(dòng)和生長(zhǎng)過(guò)程,并且在不同腫瘤中表達(dá)模式不同,尚有待進(jìn)一步研究。

另外有學(xué)者發(fā)現(xiàn)不同PTC亞型間蛋白質(zhì)組學(xué)表達(dá)同樣存在差異。IQGAP1蛋白在經(jīng)典型PTC(classica1PTC,CPTC)中顯著增加,而IQGAP2蛋白在濾泡亞型PTCfollicular variant PTC,FVPTC)中高表達(dá)。這表明IQGAP蛋白在甲狀腺癌病理學(xué)中的作用不同。隨后該團(tuán)隊(duì)利用

MALDI-MS技術(shù)檢測(cè)21例甲狀腺癌發(fā)現(xiàn),FVPTC中檢測(cè)到高信號(hào)強(qiáng)度的S100A6、波形蛋白和細(xì)胞質(zhì)肌動(dòng)蛋白1,CPTC中檢測(cè)到前膜蛋白A/C,具有乳頭狀核特點(diǎn)的非浸潤(rùn)性甲狀腺濾泡性腫瘤(non-invasive follicular thyroid neoplasms with papillary-like nuclear features,NIFTP)組織中檢測(cè)到60S核糖體蛋白L6L8。分層聚類分析示其蛋白質(zhì)組學(xué)可鑒別CPTCFVPTC/NIFTP,但后兩者間無(wú)法區(qū)分。Ciregia等發(fā)現(xiàn)膜聯(lián)蛋白A1在術(shù)前診斷CPTC的靈敏度和特異度分別為87%94%,診斷TCVPTC的靈敏度和特異度分別為85%100%.證實(shí)膜聯(lián)蛋白A1可能是術(shù)前PTC亞型診斷的潛在標(biāo)志物。

(二)蛋白質(zhì)組學(xué)在FTC診斷中的應(yīng)用

具有濾泡生長(zhǎng)模式的甲狀腺腫瘤通常較難在細(xì)胞學(xué)上區(qū)分,甚至在組織學(xué)標(biāo)本也具有一定難度,這些病變包含良性濾泡性腺瘤(follicular adenoma,FA),FVPTCFTC,人們一直試圖利用高通量組學(xué)辦法尋找到新型生物標(biāo)志物,能夠輔助鑒別這些腫瘤,蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用更是廣泛。Lai等利用LC-MS研究FAFTC蛋白質(zhì)組學(xué)譜,想尋找到能鑒別兩者的特異性蛋白質(zhì),結(jié)果發(fā)現(xiàn)FTC潛在生物標(biāo)志物包含多種線粒體蛋白(CHCHD2、SUCLG2、STOML2等)、琥珀酰輔酶A連接酶、ES1蛋白同源物、電子轉(zhuǎn)移黃蛋白亞單位β(ETFB)等,其中SUCLG2區(qū)分FTCFA的靈敏度為75%,特異性為80%.Gawin等根據(jù)LC-MS/MS方法分別在CPTC、FVPTC、FTCFA中發(fā)現(xiàn)4256、4025、23462079個(gè)蛋白質(zhì)。FAFTC中重復(fù)表達(dá)蛋白質(zhì)約為90%;FAPTC的兩種亞型共表達(dá)約為40%;FTCPTC兩種亞型相比,共有約80%的蛋白質(zhì)具有相同豐度;PTC兩種亞型總體相似性最高,約有95%的蛋白質(zhì)重復(fù)表達(dá),證實(shí)了蛋白質(zhì)組學(xué)

在甲狀腺腫瘤分類中的潛力。Guo等同樣發(fā)現(xiàn)PTC組織蛋白質(zhì)組學(xué)與FA、FTC相差較大,但是FA、FVPTC、FTC的蛋白質(zhì)組學(xué)高度接近,區(qū)分兩者較困難。而Uyy和其同事們認(rèn)為內(nèi)質(zhì)網(wǎng)介導(dǎo)甲狀腺激素合成的CANX、GPX3、HSP90B1HSPAS、PDIA4TG6種蛋白可以用于區(qū)分FAFVPTC亞型。高通量蛋白質(zhì)組學(xué)方法可協(xié)助增強(qiáng)對(duì)于甲狀腺癌組織病理學(xué)變異的特征了解,輔助分類。

(三)蛋白質(zhì)組學(xué)在MTC/ATC診斷中的應(yīng)用

MTCPTC、FTC少見(jiàn),但生物學(xué)行為常常更具侵襲性。Zhan等利用LC-MS對(duì)散發(fā)性MTC中差異表達(dá)蛋白進(jìn)行鑒定和分析,鑒定出388種差異表達(dá)蛋白,主要參與細(xì)胞外基質(zhì)、細(xì)胞骨架重塑或氧化還原酶活性。其中THBS1、MMP9FN1、RPS6KA3、SYT1和癌胚抗原均被免疫印跡(Western blot)成功驗(yàn)證。此外,他們發(fā)現(xiàn)FN1RPS6KA3可用于鑒別散發(fā)性MTC與配對(duì)正常甲狀腺組織,且臨床降鈣素水平與腫瘤組織中的FN1RPS6KA3水平正相關(guān)。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)MTCFN1低表達(dá)是無(wú)進(jìn)展生存的獨(dú)立不良預(yù)后因素,提示FN1可能是散發(fā)型MTC的新型生物標(biāo)志物。Gawin等利用LC-MALDI-MS/MS分別在CPTC、FVPTCFTC、MTC、ATC中檢測(cè)到3189、1447、2 787、3022、2225種蛋白質(zhì),他們觀察到來(lái)源于上皮細(xì)胞的甲狀腺癌和來(lái)源于C細(xì)胞的MTC之間存在著巨大的蛋白表達(dá)差異:在DTC中有約30%的蛋白表達(dá)在MTC中缺失,而MTC中有15%的蛋白表達(dá)在PTCFTC中均未檢測(cè)到。此外,ATCDTC間也存在顯著的蛋白表達(dá)差異:DTC45%的蛋白在ATC中表達(dá)缺失,而約9%ATC表達(dá)蛋白在DTC未見(jiàn)。DTC中與肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架和肌動(dòng)球蛋白(肌肉)功能、脂質(zhì)和碳水化合物代謝以及糖基化相關(guān)的基因/蛋白質(zhì)表達(dá)占優(yōu)勢(shì),MTC中與神經(jīng)元和突觸功能相關(guān)的基因/蛋白質(zhì)(包含G蛋白偶聯(lián)信號(hào)、線粒體翻譯等)占主導(dǎo)地位,如降鈣素(CALCCALCB),神經(jīng)肽(NPVVGF),CRTC1、FMR1、SNCA等,ATC中過(guò)度表達(dá)蛋白質(zhì)多與免疫應(yīng)答、細(xì)胞遷移、運(yùn)動(dòng)和黏附以及形態(tài)發(fā)生和發(fā)育調(diào)節(jié)相關(guān),如AZU1、DEFA1、DEFA3、

ELANE,IFI16、IFITM1、IFITM3LTF、MPOMX1、MX2、SAAI等蛋白。Pietrowska等利用MALDI-MS技術(shù)檢測(cè)甲狀腺癌蛋白質(zhì)組學(xué)也得出同樣的結(jié)論,MTC與起源于上皮的甲狀腺腫瘤以及ATCDTC間有著不同的蛋白質(zhì)表達(dá)譜。

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