學家們在新研究中揭示了人類巨細胞病毒(HCMV)令人驚訝的、復雜蛋白質編碼能力,該發(fā)現(xiàn)是朝著了解感染過程中這一病毒操控人類細胞的機制所邁出的重要的第一步。20多年前
研究人員首次對HCMV基因組進行了測序,現(xiàn)在他們又對這一常見病原體的蛋白質組(proteome,整套的表達蛋白)進行了研究。
HCMV是一種獲得驚人成功的病毒,它能夠感染地球上大多數(shù)的人類。但已知的出生缺陷及疾病僅分別出現(xiàn)在新生嬰兒及免疫系統(tǒng)受損的成年人中。這種病原體具有公諸于眾的最大的病毒基因組,包含24萬個DNA堿基對。與之相比,脊髓灰質炎病毒基因組只包含大約7500個堿基對。
加州大學舊金山分校的Noam Stern-Ginossar和來自美國、德國的同事將核糖體分析(ribosome profiling)和質譜法(mass spectrometry)相結合,研究了HCMV的蛋白質組。這一方法也可用于研究其他病毒生成的蛋白質。
研究結果發(fā)布在11月23日美國科學促進會出版的《科學》(Science)雜志上。
論文的共同作者、加州大學的Jonathan Weissman解釋說:“病毒的基因組只是一個起點。了解基因組編碼的蛋白質使得我們開始思考病毒做了些什么,以及我們?nèi)绾文軌蚋深A它……我們鑒別的每個蛋白都有可能告訴我們這一病毒正在如何操控它的宿主細胞。”
Stern-Ginossar和其他的研究人員懷疑,現(xiàn)有的主要基于計算方法繪制的HCMV蛋白質編碼潛力圖譜遠遠不夠完整。因此,他們開始繪制HCMV感染人類成纖維細胞過程中核糖體的位置圖譜。利用生成的圖譜,Stern-Ginossar和同事們找到了數(shù)百個從前未經(jīng)確認的蛋白質的模板。這些蛋白質被編碼在病毒基因組稱作開放閱讀框的對應DNA片段中。
令人驚訝的是,研究人員發(fā)現(xiàn)其中許多的開放閱讀框編碼了特別短的蛋白質序列,少于100個氨基酸。一些新發(fā)現(xiàn)的開放閱讀框甚至隱藏在其他的開放閱讀框內(nèi)。
“我們的研究中一個重要的發(fā)現(xiàn)是這些模板每一個都能編碼一種以上的蛋白質。這些極短的蛋白質可能比我們預期的更為常見,”論文的共同作者、德國馬克思普朗克生物化學研究所的Annette Michalski說。
研究人員應用質譜法確證存在過去通過核糖體位置繪圖預測的許多未知病毒蛋白。
在未來,核糖體分析結合質譜法有可能用于研究其他復雜病毒的蛋白質組。最終,這樣的信息可用來了解不同病毒為自身目的脅持宿主細胞的機制。