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研究發(fā)現(xiàn)了基因組轉(zhuǎn)錄起始的精確位點

2013-09-22 10:57 閱讀:2350 來源:ebiotrade 作者:陳*章 責(zé)任編輯:陳文章
[導(dǎo)讀] 日前,研究人員取得了一項里程碑式的新成果:他們發(fā)現(xiàn)了轉(zhuǎn)錄起始的精確位點,從而為解析基因組“暗物質(zhì)”的起源邁出了重要的一步。這項刊登在《自然》雜志上的研究將有助于分析復(fù)雜疾病特征所在的確切位置。

    日前,研究人員取得了一項里程碑式的新成果:他們發(fā)現(xiàn)了轉(zhuǎn)錄起始的精確位點,從而為解析基因組“暗物質(zhì)”的起源邁出了重要的一步。這項刊登在《自然》雜志上的研究將有助于分析復(fù)雜疾病特征所在的確切位置。
 


    所謂基因組“暗物質(zhì)”,其實就是基因組中的非編碼 RNA ——不包含用于制造蛋白質(zhì)的版圖,構(gòu)成了超過 95% 的人類基因組。之前的研究認(rèn)為,非編碼 RNA 不編碼蛋白質(zhì),屬于“垃圾”RNA.而隨著研究的深入,科學(xué)家逐漸發(fā)現(xiàn),非編碼 RNA 含有豐富的信息,是生命體中有待探索的“暗物質(zhì)”.目前已發(fā)現(xiàn)很多非編碼 RNA 具有的重要生物學(xué)功能。同時,越來越多的證據(jù)表明,一系列重大疾病的發(fā)生發(fā)展與非編碼 RNA 調(diào)控失衡相關(guān)。
 


    在這項最新研究中,來自賓州大學(xué)分子生物學(xué)系的 B. Franklin Pugh 教授,以及博士后研究員 Bryan Venters (目前任職于范德比爾特大學(xué))等人發(fā)現(xiàn)了人類基因組中相同類型位置上基本上所有編碼和非編碼 RNA 起始點,這將有助于查明復(fù)雜疾病特征所在的確切位置,因為許多疾病的遺傳起始位點位于基因組編碼區(qū)域以外。

    研究人員首先分析轉(zhuǎn)錄起始的精確位點,這是基因翻譯成蛋白的第一步。“在轉(zhuǎn)錄過程中,DNA 通過 RNA 聚合酶,形成 RNA,后者是一種單鏈遺傳物質(zhì),科學(xué)家們認(rèn)為 RNA 是地球上出現(xiàn) DNA 之前的遺傳物質(zhì)。然后通過再經(jīng)過多個步驟,基因表達(dá)成蛋白”,Pugh 解釋道。

    并且他還補充說,在他們尋找轉(zhuǎn)錄起始所在之處的研究期間,其他一些科學(xué)家也在直接分析 RNA,但是 Pugh 和 Venters 則是去分析在人類染色體上,啟動非編碼 RNA 起始轉(zhuǎn)錄的蛋白定位在哪里。

    “我們之所以采取這種方式,是因為許多 RNA 在制造出來后就立即被降解了,這令我們防不勝防,” Pugh 說,“因此我們沒有去尋找轉(zhuǎn)錄的 RNA 產(chǎn)物,而是尋找制造 RNA 的‘起始機器’。這種機器組裝 RNA 聚合酶,制造 RNA,并最終翻譯成蛋白質(zhì)”.

    結(jié)果令 Pugh 和 Venters 感到吃驚的是,他們發(fā)現(xiàn)了 16 萬個這樣的“起始機器”,但人類總共也才大約 3 萬個基因。

    “這一發(fā)現(xiàn)十分重要,要知道實際上我們在基因位點處發(fā)現(xiàn)的‘起始機器’只有不到 1 萬個,而且細(xì)胞中大多數(shù)基因處于被關(guān)閉狀態(tài),它們一般都沒有用到這些機器。”

    對于余下的 15 個起始機器,Pugh 和 Venters 還沒有找到它們的歸屬,這些機器的作用依然待定。“這些與基因沒有關(guān)聯(lián)的起始機器顯然是活躍的,因為它們能制造 RNA,科學(xué)家們也在發(fā)現(xiàn) RNA 片段的同時發(fā)現(xiàn)了它們”,Pugh 說,“最開始,這些 RNA 片段由于并不編碼蛋白而受到了忽視。”

    Pugh 說,很容易就會忽視這些片段,因為它們不具有多聚腺苷酸化polyadenylation的特征(這是指能用于保護(hù) RNA 免受破壞的長串腺苷)。

    之后 Pugh 和 Venters 又通過能識別編碼基因相關(guān) DNA 序列的非編碼起始機器,進(jìn)一步驗證這一研究結(jié)果。

    “這些非編碼 RNA 被稱為基因組‘暗物質(zhì)’,就像是宇宙中的暗物質(zhì),難以察覺,沒有人知道它們究竟是用來做什么的,或者它們?yōu)槭裁丛谀抢铮?rdquo; Pugh 說,“現(xiàn)在至少我們知道它們是真實的了,不只是‘噪音’或‘垃圾’。當(dāng)然下一步還需要回答一個問題:‘它們到底是用來做什么的?’”

    Pugh 補充說,這項研究的意義在于朝著解決“失蹤遺傳 missing heritability”這一問題邁進(jìn)了一大步,這個概念是指大部分特征,包括基因,為何無法通過個體基因進(jìn)行描述。“當(dāng)一種疾病的突變圖譜指向基因組未知功能區(qū)域的時候,很難了解這種疾病的來源”,“不過如果這些區(qū)域能制造 RNA,那么我們就能一步步的了解這種疾病。”


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